擅长鸟兽游戏画的著名画家岸本南岳临死前，将里子托付给孤峰庵的住持北见慈海。里子的全名叫桐原里子，32岁，丰满漂亮，她是岸本南岳的情人。十年前，岸本住在孤峰庵，他领来了里子，在殿堂的隔扇上，画着雁，岸本指点着画，让里子看，“我死之后，这儿就叫雁寺……”岸本死后，丧后七日，里子来到了孤峰庵。于是，她见到了大脑瓜、小身子的小和尚慈念。慈念深陷的眼窝里闪着光亮，令里子心寒。他沉默寡言，整天劳作，又令人怜悯。从此，里子住在了寺里，每天陪伴慈海，也陪伴着岸本南岳留下的那些雁的画。孤峰庵后山的竹林旁，一株栎树无枝无叶，犹如巨大的木棒直刺苍天，栎树上空，一只鹞鹰整日盘旋。里子觉得可怕，她不知鹞鹰为何只在栎树的上空盘绕。慈海没日没夜地贪恋着里子的美色，里子却又对小和尚慈念觉得不顺心。她问慈海，慈念是哪儿的孩子。慈海却只知慈念是若狭一个修建寺庙的木匠的儿子，是若狭西安寺和尚将其带来的，他正在上中学，课余便在寺里扫地、做饭、除草、掏粪……这一系列活干完了，便作经文笔记。里子想，普通人家的同龄孩子还在受父母抚爱呢，可慈念却过得很苦。寒风刺骨的早春，里子叫住了除草的慈念，她想进一步了解慈念的身世，可慈念却不吭声，唯有那澄沏的目光，令里子心里发颤。慈念的学校里开了军训课，累极了的慈念有一日便睡过了头。从此，慈海用一根绳拴住慈念的手腕，他一拽绳，慈念就得马上起床，以免再睡过头。一夜，慈海急不可待地与里子做那每夜都做的事，不留神牵动了麻绳，慈念慌忙起身，问师父是否叫他，慈海和里子的事便全落入了慈念的眼中。学校的教师来访了，教师向慈海告了慈念一状：慈念旷课。气急了的慈海立即唤来慈念问其旷课原因。“我讨厌军训，扛枪累死人。”里子的心被打动了，她想，是呀，这么小的个子，扛大枪，的确太难为人了。然而，老师却不留情他说：“这是根据文部省中学施行条例的规定设立的。必须照办，没有办法。”慈念恳请慈海：“师父，求求您，不要让我接受扛枪军训。我这肩膀，实在扛不动大枪呵。”然而，慈海不肯答应，他说：“从明天开始。参加军训吧。每月的学费不能白花呀。要是中学毕不了业，当个云游僧都不够格。”慈念心冷了，转向角落哭泣起来。里子送走了老师，走到大殿后面，猛然发现，慈念正用小竹刀刺池里的鲤鱼，一尺多长的鱼背被刺中了，血在水面上如一束红色毛线漂浮着……里子感到非常可怕。刮秋风的时候，西安寺住持木田默堂来信说要经过此处。里子就急切盼着这和尚早日来到，因为，慈念就是这个和尚当年领来的。里子想从默堂的口中，了解慈念的身世。三天后，木田默堂大踏步地走进了孤峰庵。他见了慈念非常兴奋，称呼慈念当年的小名——阿舍。里子从默堂的口中了解到了慈念的一些情况：有一个叫乞丐谷的地方，一到冬天，就有众多乞丐投宿到破祠堂里。祠里的供品是乞丐们争抢的食物。一个女叫花子名叫阿菊，三十多岁。在一个雪花纷飞的日子里，她生下了孩子，人们不知道孩子的父亲是谁。阿菊春天要去别处乞讨，就把孩子交给了阿角收养。阿角家有个孩子，阿角却说服老伴让她喂养这个叫花子的儿子……那孩子渐渐长大，长了个大脑袋，村里孩子给他起个外号叫“军舰头”。他的名字叫舍去。他总说要去寻找亲生父亲。里子听说过许多命运奇特的故事，而慈念又是一个命运奇特的人。这天，慈海去源光寺下围棋，必定要到深夜才能回来。里子孤伶伶一人望着栎树上空盘旋的鹞鹰，这时慈念来了。他告诉里子，栎树顶上有鹞鹰的窝，鹰在贮藏蛇、鱼、鼠等食物……里子感到心里一阵恶心。她记起，默堂讲述了慈念身世后的当晚，她来到慈念的房间，像温柔的母亲，抚爱着慈念，慈念也动了激情，把里子推倒在铺席上，是夜，里子把自己交给了慈念。慈海出门始终未归，一个叫平吉的施主家死了人，超度的事由慈念去做了。那晚，守夜人轮流休息，而慈念则诵读了一宿经文。死者天亮后被安葬了，人们虽觉棺材沉重，可未往心里去。慈海没回来，谁也说不准他去了何处，山腰吹来悲怆的风，里子倍觉孤独。一连十多天，人们无从知道慈海的下落，于是，便猜测他或许在什么地方摔死了。唯有慈念，记得十几天前的那一夜，慈海深夜里酒醉而归，慈念用小竹刀和一柄小铁刀，要了慈海的命，然后将尸身藏好，次日早起，清除了地上的血迹。晚上，给死者超度时，趁别人睡觉之机，将慈海的尸体拖入棺中。他便这样，一丝痕迹未留，让慈海消声匿迹了。许多天后的一个早晨，慈念在佛殿里，看着岸本南岳的雁画，眼里放射出异样的光芒。那是一只母雁在给雏雁喂食。他把手指插进隔扇，抠走了母雁。于是，这儿从此出现个空洞。慈念的身影也从孤峰庵消息了。里子孑然一身，凝视着南岳的画，耳畔似乎响起南岳的声音：“孤峰庵以后起名叫雁寺。”